Методы очистки олигонуклеотидов


Cинтез олигонуклеотидов представляет собой процесс многократного последовательного прохождения большого количества повторяющихся химических реакций. На каждой стадии синтеза образуются фрагменты с неполной цепью. 

Выход полноразмерного олигонуклетида составляет от 80% (для коротких фрагментов до 20 звеньев) до нескольких процентов (в случае олигонуклеотидов свыше 150 оснований). Кроме того, в процессе деблокирования на финальной стадии синтеза образуется ряд низкомолекулярных примесей, загрязняющих олигонуклеотиды. Поэтому готовый продукт требует очистки.

В зависимости от структуры олигонуклеотида, масштаба синтеза и области применения мы подбираем оптимальный способ очистки для того, чтобы Вы смогли в кратчайшие сроки получить максимально качественный продукт. 

Реализуемые нами способы очистки:

  •  очистка на ОФ картриджах (С18-картриджах);
  •  очистка с помощью ПААГ-электрофореза;
  •  обессаливание на гель-фильтрационных колонках (после ПААГ)
  •  ВЭЖХ

Очистка на обратно-фазовых картриджах

Позволяет отделить полноразмерные цепочки олигонуклеотидов от побочных продуктов синтеза и фрагментов с неполной цепью.

Очистка на ОФ картриджах применяется для олигонуклеотидов, предназначенных для рутинной ПЦР и не требующих дополнительной очистки. Также ОФ картриджи могут быть использованы как дополнительный этап очистки перед ПААГ-электрофорезом.

ОФ-очистка НЕ подходит для очистки модифицированных олигонуклеотидов.

Преимущества: высокая скорость очистки, чистота ≥ 90%.

Метод очистки с помощью ПААГ-электрофореза

Позволяет разделить молекулы за счет различий в их массе. Таким образом, короткие олигонуклеотиды, имеющие меньшую массу, движутся в геле быстрее, тем самым отделяясь от целевого продукта.

Очистка с помощью ПААГ электрофореза применяется для длинных олигонуклеотидов (> 40 букв), модифицированных олигонуклеотидов.

В зависимости от длины олигонуклеотида используется 12-20% полиакриламидный гель. Специальный буфер выступает в качестве маркера миграции олигонуклеотидов в геле, а также для утяжеления раствора олигонуклеотидов при нанесении на гель.

Преимущества: чистота ≥ 95%, возможность одновременного качественного контроля.

NB! За счет трудоемкого процесса, время получения готового олигонуклеотида, очищенного ПААГ, достигает 5 дней, а флуоресцентного зонда – до 7 дней.

Пример контроля степени чистоты флуоресцентных зондов с помощью ПААГ-электрофореза (все зонды проходят этот контроль в обязательном порядке):

electrophoresis.png